纸杯在生产中为了达到隔水效果，会在内壁涂一层聚乙烯隔水膜。聚乙烯是食物加工中比较安全的化学物质，它在水中是很难溶解的，无毒、无味。羰基化合物在常温下不易挥发，但在纸杯倒入热水时，就可能挥发出来，所以人们会闻到有怪味。长期摄入这种有机化合物，对健康不利，甚至致癌。
纸杯质量的国家标准中，只需要检测微生物，还没有对化学物质的检测，因为这种检测做起来非常复杂，难度很大。有些纸杯由于纸浆质量差，为图产品白就大量添加荧光漂白剂，这有致癌危险。她建议，一次性纸杯不可多用，如用最好装冷水，以减少有害化学物质的挥发。
如何挑选
1、看：挑选一次性纸杯时，不要只看纸杯颜色白不白，不要以为颜色越白就越卫生，有的纸杯生产厂家为了使杯子看上去更白，加入了大量荧光增白剂。这些有害物质一旦进入人体，就会成为潜在的致癌因素。专家建议，市民在选纸杯时，最在灯下照一照，如果纸杯在荧光灯下呈现蓝色，则证明荧光剂超标，消费者应谨慎使用。
2、捏：杯身软塌不坚挺，小心漏水。此外，要选用杯壁厚实硬挺的纸杯，杯身硬度不高的纸杯捏起来很软，倒入水或饮料后，端起来时会严重变形，甚至端不起来，影响使用。专家指出，一般优质纸杯可以装水72小时不渗漏，而质量差的半小时就会渗水。
3、闻：杯壁颜色花哨，小心油墨中毒。质监专家指出，纸杯多是叠放在一起的，如果受潮或被污染，必然形成霉菌，所以受潮的纸杯一定不要使用。此外，有的纸杯上会印刷缤纷的图案和字样，当纸杯叠在一起时，纸杯外面的油墨必然影响其外面所包裹的纸杯内层，而油墨中含有苯和甲苯，对健康有损害，最购买外层无油墨印刷或印刷较少的纸杯。
4、用：区分冷杯、热杯，它们“各有其职”。专家最后指出，平常我们使用的一次性纸杯一般可以分为冷饮杯和热饮杯两种，它们各有其职，一旦“错位”，可能会对消费者的健康产生影响。
底部标识
了解一次性纸杯子底部的数字标识，知道不同的料杯杯子底部每一个数字其含义就不用担心这些一次性纸杯的危害。
“1”——PET(聚对苯二甲酸乙二醇酯)，使用10个月会产生致癌物质。
“2”——HDPE(高密度聚乙烯)，不易清洗，容易滋生细菌。
“3”——PVC(聚氯乙烯)，遇高温和油脂易产生致癌物。
“4”——LDPE(低密度聚乙烯)，高温下易产生有害物质。
“5”——PP(聚丙烯)，微波炉餐盒专用材质。
“6”——PS(聚苯乙烯)，耐热抗寒，不能用于微波。
“7”——PC及其他类，用于制作奶瓶、太空杯、太空瓶，不过这种材质的水杯在高温下很容易释放有毒物质双酚A，对人体有害。使用这种水杯时不要加热，不要在阳光下晒。
注意事项
一：第一杯水最好不要喝，先用开水烫一下，四五分钟后将水倒掉，让纸杯中有害物质充分挥发。因为荧光粉、油墨渗透性很强，会污染食物。
二：一次性纸杯或方便面纸盒尽量不要在微波炉中加热使用。
三：纸杯尽量不要装热水，因为纸杯上有些厂家为了防止水渗透出来涂上一层薄薄的蜡，遇到超过40度热水的时候就会融化掉。因此，一次性纸杯最好用来装冷饮，而不要装40℃以上的热水。
2012年6月1日实施新的行业标准，一次性纸杯、纸碗、纸餐盒国家标准今日起正式实施。国标规定：杯口距杯身15毫米内及杯底距杯身10毫米内均不能印刷图案。